Inkuiri Nasional adalah upaya Komnas HAM memberikan kontribusi pada upaya penyelesaian kasus pelanggaran HAM. Inkuiri Nasional menggabungkan empat fungsi Komnas HAM dalam satu kegiatan. Inkuiri nasional menerapkan fungsi pemantauan untuk menyelidiki (investigasi) kasus, fungsi penelitian dan pengkajian untuk menganalisis akar masalah dan merumuskan rekomendasi pemulihan pelanggaran HAM. Investigasi masalah HAM ini dilakukan secara sistematis dengan melibatkan masyarakat, saksi, institusi, peneliti, pendidik, dan ahli kebijakan secara transparan melalui kerangka penyelidikan pola sistematik pelanggaran HAM. Tujuannya untuk identifikasi temuan-temuan dan rekomendasi.