Başlangıcı olan her şeyin bir sonu vardır. Matrix üçlemesinin bu müthiş son bölümünde, Neo, Morpheus ve Trinity, son gerçek şehir olan Zion'u kurtarmak için, insanoğlunu esir almış makinelerle savaşırlar. Ve Neo, insanların ve nesnelerin kodlarını görmek gibi özel güçlerinin daha da farkına varınca, The Matrix Revolutions'da yaptığı seçimin bedelini öder.