Nell'esplosivo capitolo finale della trilogia di Matrix, Neo, Morpheus e Trinity combattono per difendere Zion, l'ultima città del mondo reale, dall'assalto delle macchine che hanno schiavizzato la razza umana. Adesso, man mano che scopre sempre di più sui suoi poteri eroici, tra cui l'abilità di vedere i codici delle cose e delle persone, Neo dovrà affrontare le conseguenze della scelta fatta in Matrix Reloaded.