Mindennek van kezdete és vége. A Mátrix-trilógia elsöprő lendületű befejező részében Neo, Morpheus és Trinity azért küzdenek, hogy megvédjék Ziont, az utolsó igazi várost az emberiséget rabszolgasorba taszító gépek támadásától. Ahogy Neo egyre jobban megismeri különleges erejét, így azt a képességét is, hogy látja a tárgyak és az emberek kódjait, szembe kell néznie a Mátrix Újratöltve című részben meghozott döntésének következményeivel.